V Zavodu Svibna v sodelovanju z ZRSVN, O Novo mesto izvajamo monitoring netopirjev v Ajdovski jami skozi vse leto. Če je bilo skozi hladni del leta v jami opaziti le nekaj premikov malih podkovnjakov in še kakšnega velika podkovnjaka, je v topli dobi leta v jami kar velika gneča. Večinoma gre za kolonijo južnih podkovnjakov, ki prihajajo v jamo, ko se otopli, praviloma že prve dni aprila… Letos (in podobno tudi lani) zaradi hladnih zunanjih temperatur prihajajo z zamudo. Prva večja skupina (in še niso vsi) je prišla prve dni maja letos.
S toplejšimi dnevi se bo tudi centralna dvorana v jami segrela in tako se bodo ustvarili ugodni klimatski pogoji za kotenje netopirskih mladičev.
Zadnja leta je v jami poleg najštevilčnejših južnih podkovnjakov opaziti tudi dolgokrile in vejicate netopirje.